El informe presentado por la Misión de Observación Calificada en el caso Berta Cáceres de la cual el CIPRODEH es parte, formula una serie de recomendaciones al Estado hondureño, como adoptar medidas para asegurar la protección efectiva de los derechos de los pueblos indígenas dentro del proceso bajo el principio de no discriminación, cumpliendo las normas internacionales como el Convenio 169, y desarrollar un marco normativo y jurisprudencial para la sanción efectiva de representantes del Ministerio Público cuando desacatan órdenes del poder judicial, entre otras.