EL CIPRODEH promueve el bienestar, desarrollo de competencias y formación integral de su talento humano, en consonancia con un enfoque basado en derecho; busca la innovación, reorganización y fortalecimiento de la gestión operativa con el fin de fortalecer la eficiencia, eficacia y transparencia en el uso y administración de los recursos que maneja a través de sus proyectos y cada área de la técnica y administrativa de la institución.

El CIPRODEH como organización de derechos humanos concibe en su planificación estratégica el abordaje del programa de derechos civiles y políticos como un medio para documentar, sistematizar y difundir información sobre la situación de estos derechos en Honduras; buscando incidir en las leyes o políticas públicas que permitan la protección de las libertades ciudadanas, la inclusión social y la seguridad e integridad humana.

Desde el programa DESCA el CIPRODEH busca el empoderamiento, autorreconocimiento y liderazgo de sectores postergados de la población hondureña teniendo como principio la protección de las condiciones básicas para el ejercicio de acceso a la justicia efectiva sin discriminación y el desarrollo social con equidad, además acompaña la defensa de los derechos humanos de estos sectores especialmente a los grupos y movimientos sociales en situación de vulnerabilidad.