Villanueva, junto a un equipo forense, investigó la muerte de Hernández y concluyó que desde el punto de vista médico legal, se trataba de una muerte homicida. Villanueva informó al Fiscal General de la República sobre los hechos y las irregularidades, no obstante, esta nunca tuvo respuesta.

A causa de sus investigaciones, Villanueva y sus colaboradoras forenses comenzaron a ser hostigadas, perseguidas, vigiladas y amenazadas a muerte. Lejos de ser protegidas por el Estado, Villanueva fue removida de su cargo y junto a la señora Beltrán y la señora Gómez reciben acoso laboral por parte de las autoridades del Ministerio Público. El 12 de agosto de 2018, la CIDH, adoptó la resolución 61/18, sobre el otorgamiento de la Medida cautelar N° 972-18 a favor de la señora Semma Julissa Villanueva Barahona y otras respecto de Honduras.

Sin embargo, las medidas adoptadas por el Estado de Honduras no han sido efectivas para disuadir las amenazas y disminuir el riesgo que corre Villanueva, y su equipo de colaboradoras. A la fecha, el Estado de Honduras no ha revisado las medidas de protección otorgadas para asegurar su eficacia e idoneidad. El 20 de noviembre de 2019, Villanueva fue despedida por las autoridades del Ministerio Público, quienes argumentan que esta ha violado la normativa interna del Ministerio Público por dar declaraciones a medios de comunicación sobre casos de interés público y de violaciones a derechos humanos.

En la resolución las autoridades advierten la posibilidad de enjuiciarla penalmente por "violar y revelar secretos", sin considerar que esta estaba obligada a denunciar los hechos.

En este sentido, el CIPRODEH expresa su preocupación por la vida e integridad de la Dra. Villanueva y alerta a la comunidad nacional e internacional del incremento del riesgo que esta sufre y les motivamos a pronunciarse sobre el caso y pedir al Estado de Honduras que aplique los estándares internacionales de derechos huamanos. De la misma forma, el CIPRODEH llama al Estado a revisar las medidas disciplinarias aplicadas en el caso concreto y exige que aplique el control de convencionalidad en sus decisiones. Además, es preciso recordarle al Estado su obligación de no interferir en el ejercicio de la libertad de expresión y que debe activar mecanismos de protección del discurso de la Dra. Villanueva por tratarse de un asunto de interés público y en consecuencia, ser un discurso protegido por los estándares interamericanos de Derechos Humanos